基本的に食事の内容によって病気が良くなったり悪くなったりすることは無く、基本的に食事制限は無いと言われています。しかし、刺激的な香辛料や薬味・炭酸飲料水・アルコールや、脂肪の多いものは腸に負担をかけることから、これらは避ける必要があります。また、症状が悪化しているときには、食事制限が必要になります。
食事の基本は、高たんぱく質・低脂肪・低残渣が基本となります。主な食品を下記の表のようなものが挙げられます。
| 穀類 | お粥、ごはん、うどん、そば、食パン、フランスパン など |
| 豆類 | 豆腐、高野豆腐、豆乳 など |
| 魚類 | 白身魚、鮭、ます、まぐろ（赤身）、あじ、いわし、さんま、さば、はんぺん、ちくわなどの練り物 など |
| 肉類 | 鶏肉（ささみ）、脂肪の少ない部位 |
| 野菜類 | 大根、人参、かぶ、かぼちゃ（皮を除く）、野菜ジュース、トマト、キャベツ・白菜・ほうれん草の葉先 玉ねぎ など |
| 果物類 | リンゴ、バナナ、桃缶、洋梨缶 など |
脂肪は腸管の蠕動（ぜんどう）を刺激します。これにより腹痛や下痢の原因となることがありますので採り過ぎには十分注意する必要があります。潰瘍性大腸炎では一日に摂取する脂肪の量を40グラム程度にするとよいと言われています。
一方脂肪でも魚の脂肪酸は腸粘膜の炎症を押さえる働きがあります。この魚に含まれる脂肪酸はn-3系脂肪酸と呼ばれ、イワシ・サンマ・ハマチ・マグロ・ブリ・背の青い魚や魚卵に多く含まれています。この他にも旬の魚には脂がのり、n-3系脂肪酸が多く含まれます。
このn-3系脂肪酸は加工調理しても十分に含まれるので、家庭で調理する以外にも、缶詰・干物などの加工食品を利用して摂取するとよいでしょう。
n-3系脂肪酸は魚以外ではしそ油にも多く含まれています。ただし高温で調理すると酸化してしまうので、揚げ物や炒め物には向きません。サラダなどに加えて摂取するのがよいでしょう。